Roddy (Hugh Jackman) é um rato da alta sociedade londrina, que é expulso da sociedade de Kensington e é enviado descarga abaixo, indo parar em Ratopólis, um submundo localizado de baixo das ruas de Londres.
Lá, ele conhece Rita (Kate Wislent), uma catadora de lixo bastante empreendedora, a qual trabalha pelos esgotos usando seu barco, o fiel Jammy Dodger. Juntos, eles devem navegar pelos caminhos turbulentos da cidade, cheios de perigo para qualquer rato, corredeiras, cachoeiras traiçoeiras, e o pior de todos os perigos, o vilão Toad (Ian McKellen) e seus capangas Spike e Whitey (Andy Serkis e Bill Nighty). Apesar de estar totalmente fora de seu mundo privilegiado, Roddy se descobre um herói um pouquinho diferente ao saber que Ratópolis está em perigo por causa do mundo de cima.