Há mais de 20 anos, os alienígenas fizeram seu primeiro contato com a Terra. Os seres humanos esperavam um ataque belicoso ou avanços gigantescos na tecnologia. Não aconteceu nem uma coisa nem outra. Em vez disso, os alienígenas se tornaram refugiados incapazes de retornar ao seu planeta. As criaturas foram alojadas em instalações improvisadas no Distrito 9 da África do Sul, enquanto as nações do mundo discutiam o que fazer com eles.

Agora, a paciência com a situação dos alienígenas já se esgotou. O controle sobre os ETs ficou a cargo da União Multinacional (MNU), uma empresa privada indiferente ao bem-estar dos alienígenas. A MNU registrará lucros exorbitantes se conseguir fazer com que as poderosas armas deles funcionem. Até o momento, todas as tentativas fracassaram, uma vez que a ativação desses armamentos exige o DNA alien.

A tensão entre os alienígenas e os seres humanos chega ao ápice, quando a MNU começa uma operação de despejo dos não-humanos do Distrito 9, em que agentes da MNU os conduzirão a um novo assentamento. Um dos agentes de campo da MNU, Wikus van der Merwe (Sharlto Copley), contrai um vírus alien que começa a alterar o seu DNA. Wikus logo se torna o humano mais caçado do planeta, bem como o mais valioso – ele é a chave de acesso ao uso da tecnologia alien. Discriminado e sem amigos, só resta um lugar onde ele poderá se esconder: o Distrito 9.